ニモは、カクレクマノミの男の子。片方のひれが小さいニモを、おとうさんのマーリンはいつも心配しています。ニモ自身は、「もう子どもあつかいはやめてほしいな」と思っているのですが…。ところが、ある日ニモは人間につかまってしまいます。さあ、愛する息子を取り戻そうとするマーリンと、自分の知恵と力で脱出しようとするニモの、大冒険の始まりです。サメやウミガメなど、海のいきものもたくさん登場しますよ！