パーフェクト・ガンダム、起動！地球のタール火山基地での戦闘後、南洋同盟の本隊とはぐれたダリル・ローレンツはガレ（元）中佐と手を組み再びの宇宙へ。クローディアを殺したショックでPTSDとなっていたイオ・フレミングも、南洋のスパイだった盟友・コーネリアスを射殺し、悲しみを乗り越えて立ち上がる。共に最終目的地は、南洋同盟僧正レヴァン・フウの狙うサイド3・ジオン共和国…再戦に備え、エースパイロット達は新たな武器を求める----!!