キョートを牛耳るザイバツが運営する地下格闘トーナメント「シャドー・コン」に潜入すべくニンジャスレイヤーは、落ちぶれた道場主、モミジ・ヤンガの下を訪れる。だがニンジャスレイヤーの目的は、トーナメントの優勝ではなく、師の仇、サラマンダーの下から師の孫娘、ドラゴン・ユカノを救出することだった。ザイバツのグランドマスターでもあるサラマンダーに近づくには、シャドー・コンにて優勝し、優勝杯を授与されるその時しかない！一回戦でランバージャックを、二回戦でモーターナガサマを圧倒したニンジャスレイヤー。そうして迎えた決勝戦、対戦相手はサラマンダーの部下、ミラーシェード。ニンジャスレイヤーが暗黒カラテ、カポエイラのアルマーダ・マテーロを繰り出せば、ミラーシェードは、同じカポエイラのメイアルーアジコンパッソで対抗！伝説の暗黒カラテ蹴りの応酬、予測不能なイクサの決着や如何に！？果たしてニンジャスレイヤーは、ミラーシェード、さらにサラマンダーをも下し、ユカノを助けだすことができるのか！