天下のご意見番を大久保彦左衛門から譲られ、二代目となった近藤登之助は、江戸の町なかで無頼をはたらく旗本奴たちも一目置く、二の丸御門衛の直参旗本だった。ある日、突然のお役御免を言い渡されるが、それは将軍直属の隠密御用のためであった。彦左衛門から京での不穏な動きを知らされた登之助は、元掏りの万七を供に公家や大商人が奸計を巡らす上方へ向かったが、そこには思わぬ人物が。