小学校に入り、カクレクマノミのニモは、どこにでも自分の意思で行きたい年頃だ。　父親のマーリンは、そんな一人息子が心配でたまらない。ある時、その心配が現実のものとなる。　ふだん行かないような所をニモが泳いでいたら、人間のダイバーにつかまってしまったのだ。マーリンは、なんとしても息子を取り返すべく、捜索の旅にでる。