新種のXENOを撃退した際に発生した強力なイデアは、要塞都市『アカツキ』にも影響を及ぼしていた。イデアを浴びたゼノイドの一部が感情に目覚め、彼らは同族のゼノイドに処分されようとしていたのだった……。クーラの協力により彼らを助け出したアルツたちは、そのなかに一際目立つ一人の少女の存在に気づく。「やっぱりなのです。フランの思っていたとおり、心とは愚かな要素なのです」フランと名乗る少女は、アルツたちにとって初めて出会うタイプのゼノイドで……。「見せてやる！　これが――俺と仲間たちの力だ！」感情を力に変えるへヴィバトルアクション、物語は、ここから動き出す―――。