フォートレス級との戦闘から三ヶ月。進化し続けるＸＥＮＯの脅威に晒されながらも、アルツたちの過酷な戦いの日々は続いていた。ある日、クーラが殺されたという一報が、要塞都市から逃れてきたリィザによって伝えられる。ゾットのこれ以上の暴走を止める為に要塞都市へと潜入したアルツたちだったが、そこで重大な事実を知ることになる。だが、それは全てのゼノイドの存亡を賭けた戦いの幕開けにすぎなかった。「大丈夫だ。ゼストマーグは、必ず俺に応えてくれる」想いが繋がるヘヴィバトルアクション、二十年の時を越え、物語は核心へと―。