人類滅亡の到来を少しでも先に延ばすことを目的とした組織「アトラス院」。とある出来事によって半吸血鬼化してしまったシオンは、アトラス院を後にし、さつき、リーズバイフェとともに日の当たらない生活を送っていた。そこにアトラス院長・シアリムが現れる。彼女は数々の“確定された未来の世界”を用意する。“シオンがアトラス院長になった世界”“オルガマリー・アニムスフィアと出会う世界”――しかし、どうしても絶望の結果が待ち受けていた。それでも、シオンは「未来は変えられる」と信じ続けられるのだろうか？　そこに、とある女性が姿を現す。