祖父の死の謎を解いたジェイコブは、特殊能力をもつ「奇妙なこどもたち」とともに、ハヤブサに変身したまま人間の姿に戻れなくなってしまったミス・ペレグリンを助けようと、ウェールズの小島から小さな船に乗って英国本土へとめざす。しかし彼らには、怪物たちの魔の手が次から次へと襲いかかる…。