直心影流の達人・坂崎磐音の嫡子空也は十六歳で武者修行に出た。最初の地、薩摩での修行を終えた空也は肥後国へと戻る。人吉城下にあるタイ捨流丸目道場の門を再び叩いた空也は、山修行を思い立ち、平家落人伝説が残る秘境・五箇荘へと向かう。その頃、薩摩では不穏な動きを見せる東郷示現流の一党が、空也に向けて次なる刺客を放とうとしていた。シリーズ累計２０００万部突破の「居眠り磐音　江戸双紙」に続く新たな物語、波乱の二番勝負が開幕！