“黒ポンチョの男”との危険な邂逅を経て、“アインクラッド”第五層を突破したキリトとアスナ。ふとしたことから、奇妙な同居生活を送ることになった二人が次に挑むのは、“パズル”だらけの第六層。そして二大ギルドの均衡を揺るがす“ぶっ壊れ”アイテム“フラッグ・オブ・ヴァラー”の扱い、扇動ＰＫ集団の脅威。数々の問題を抱えながらも、二人は第六層の連続クエスト“スタキオンの呪い”に挑む。その先で悪意に満ちた“罠”が待ち受けているとは知らずに―。