ついに運命の再会を果たしたシンとレーナ。どことなくいい雰囲気を醸し出す二人に、フレデリカとクレナは戦慄し、そして気を揉むライデンらの苦労は留まることを知らない。しかしそんな束の間の休息を破り、レーナを作戦司令とする新部隊に初任務が下った。共和国８５区内北部、旧地下鉄ターミナル。地下深くに築かれたレギオンの拠点が、その口をあけて彼らを待つ。そこに見えるのは闇。レギオンの、共和国の、そして彼の国が虐げた者たちの、闇。シンとレーナ―二人が出会った後、初めての共闘を描く『Ｅｐ．４』！“地の底からの呼び声が、彼らに新たな試練を告げる。”