西暦二〇九四年の春。暗殺を生業とする少女・榛有希は、その現場をある男子中学生に目撃されてしまう。憂いを断つべく男子中学生を消そうとするも、フィジカルブーストの超能力者である有希でもまったく太刀打ちできない。その謎の少年の名は、司波達也。相手が普通の少年であったなら、相手が魔法師でなければ、相手が司波達也でなければ―。規格外の少年と暗殺者の少女。二人の出会いが運命をより数奇なものへと変えていく。大人気作品『魔法科高校の劣等生』原作初のスピンオフ開幕！！