宝物殿“白狼の巣”での一件から数日―帝都すら壊滅させるという「シトリースライム」を（うっかり）逃してしまったクライは落ち着かない日々を送っていた。一方、探索者協会は“白狼の巣”をはじめ帝都周辺で起きている異常の調査への協力をクライに依頼するのだが、クライの（適当な）返事で、事態は国家をも巻き込んだ大事件へと発展していく。最凶スライム、邪悪な魔術結社…人知れず危機を迎える帝都…。やがて、色々と気もそぞろなクライのもとに、最強パーティ“嘆きの亡霊”のメンバーにして幼馴染のひとり、錬金術師シトリー・スマートが帰還する。クライ達は帝都を救うことができるのか！？