全世界で一億人の犠牲者を出しつつ、人類が辛うじて滅亡を免れてから９年。地球にただ一体残された巨大ロボット・ラペトゥスを入手したアメリカは、思いのままに他国を蹂躙していた。地球に全面核戦争の危機が迫る中、姿を消していたテーミスとエヴァたちがついに帰還する。それは、６０００年前に巨大ロボットを地球に遺していった謎の種族との本格的遭遇でもあった……。星雲賞受賞『巨神計画』三部作、ここに完結！