世界破滅を狙った大悪魔コロンゾンの脅威は去った。『学園都市統括理事長アレイスターの犠牲』という多大なる損失と引き換えに、上条当麻はついに、ついに科学と魔術の世界を救ったのだ。ここはイギリス清教の聖地・ウィンザー城。祝勝会にて熱烈な歓迎を受ける上条が目を向けると、そこにはインデックス、御坂美琴、食蜂祈操らの姿も確認できる。本当に、『平和』が訪れたのだ。―しかし。なにかを忘れてはいないだろうか。…そう、コロンゾン戦直後。上条の右手は破裂してしまっているはずで！？そして。ウィンザー城へ怪物が襲来する。翼を持つトカゲが示すものとは。これは、魔術と科学が交差する、その集結の物語。『新約』編の結末を見届けよ！