飛空船の登場により果てなき大空へと乗り出した人々は、やがて空に浮かぶ広大な大地を発見した。噂に導かれ冒険心から空飛ぶ大地へやってきたエムリスとアーキッドは、たどり着くなり争いに巻き込まれてしまう。戦いのさなかに飛空船から落下してしまったアーキッド。彼を助けたのは空飛ぶ大地に住まう有翼の民、ハルピュイアであった。キッドはハルピュイアと行動を共にしながら、空飛ぶ大地に眠る重大な秘密に直面する。源素晶石―飛空船に必要不可欠な物資が大地の下に眠っているということに。鉱脈を狙って続々と上陸を果たす国々。大地を踏み均す幻晶騎士の大部隊。強欲なる商人があり、眠れる北の巨人がある。その裏では黒騎士たちが暗躍し―。そうして混迷を深める空飛ぶ大地に、ついに彼が現れる！