伝説の魔法師・司波達也とその妹・深雪が卒業して一年。魔法科高校に二人の少女が入学する。十文字アリサと遠上茉莉花。幼少から本当の姉妹のように育てられてきたが、「とある」事情で二年前からアリサは魔法師の名家、十文字家に預けられていた。彼女たちは、第一高校に入学したことで久しぶりの再会を果たす。無邪気で無防備なアリサと茉莉花。魔法の勉強、部活、友情、青春、そして恋―たくさんのドキドキワクワクに胸躍らせながら、二人の魔法科高校での生活が幕を開ける！