日本学術会議とは、そもそもどのような組織か―どのように運営されてきたか、その「あり方」は見直されるべきか、「閉鎖的な既得権益」「多様性の欠如」は本当か―政府の動きを詳細に検証する。前代未聞の「新会員任命拒否」はなぜ起こったのか？「学問の自由」の歴史的意味を問う！

１　日本学術会議とはどのような組織か（学術会議の基本的性格
組織―総合的・俯瞰的活動を支える
会員の選考―コオプテーションによる代表性の確保
科学的助言と独立性
提言等から見る学術会議の役割
軍事研究についての学術会議の立場）
２　任命拒否の何が問題か？（任命拒否は正当か？
なぜ任命拒否が行なわれたのか？
学術会議のあり方を見なおす必要はあるのか？
任命拒否と学問の自由とは関係があるのか？）