イスラム武装組織の首領ウリザムは、東南アジアにイスラム統一国家を建国するため、北朝鮮に一億ドルを支払い、ロシアから核魚雷２本を密輸させた。一方、北朝鮮の不穏な動きを察知した米国海軍情報部は、ＳＥＡＬチームを北朝鮮に潜入させ、核兵器を発見しだい破壊する極秘ミッションを発令。潜水艦部隊司令官のワード准将とＳＥＡＬ指揮官ビーマンを横須賀基地に派遣するが…潜水艦アクション超大作シリーズ第３弾登場。