聖伊織はダンジョンの深層でとある文献を発見する。そこには万物の理が収められているという伝説のアイテム『ラジエルの書』について記されていた。この書物が悪用されれば世界大戦にも繋がりかねない。事態を重く見た三会は早急に調査へと踏み切り、司書の桜瑠依が大天使ラジエルであるということを突き止める！学園は総力をあげ掃討作戦を展開するも、その圧倒的な魔力の前に歯が立たず蹂躙されてしまうのだが―「よお、伊織。待たせたな」「…遅いよ、幸助君」絶体絶命の危機に駆けつけた瀧音は再び桜瑠依と対峙する！世界崩壊という最悪のバッドエンドを塗り変えられるのか！？