謎の「Ｘ」の正体が明らかになり、無事に閉じ込められた異世界からの帰還をはたした「死神Ｎｏ．２６９」こと死亡フラグちゃんと仲間たち。モブ男のいる仮想世界を練習場とするいつもの生活に戻った矢先に、今度はフラグちゃんの前に死神Ｎｏ．５１こと「失恋フラグ」が現れた。偶然からモブ男に恋をし、モブ男への好意を隠さない失恋フラグに一方的にライバル宣言をされたフラグちゃんは動揺。失恋フラグとのフラグ回収競争に挑むことになる。その様子を面白がる恋愛フラグたちを尻目に、神様は最近の仮想世界システムの不調を死神Ｎｏ．１へ相談。事態は、誰も予想もしなかった展開へとなだれ込んでいく―！