修学旅行も終了した１２月、２学期最後の特別試験・協力型総合筆記テストが発表される。内容は１人ずつ交代で試験問題を解き、最終的にクラス全員で全１００問のテストを解くというもの。堀北Ｂクラスは坂柳Ａクラスとの対戦となる。試験準備が始まる中、南雲が次期生徒会長を決めると宣言する。２年生の生徒会メンバーは堀北と一之瀬。立候補を問われるも一之瀬の意思は生徒会自体を辞めるというものだった。新たな生徒会メンバーの確保という問題の他、鬼龍院を狙った万引き偽装事件も発生し、生徒会周辺も慌ただしくなっていく。『無理してないから。…私も、綾小路くんに会いたい…』学園黙示録は新たな混沌へ―。