「科学」に不信を抱き大学を休学した池田哲のもとに、かつての同級生・藤崎雪葉が訪ねてきた。彼女は池田に一本の鍵を預け、謎を解いてほしいと頼んで去る。謎がある場所は「桂の森図書館」―雪葉の祖父が建てた、時計塔のある図書館だった。時空を行き来しつつ謎を解く時、喪失と再生の物語が始まる！