アマテラスを祀る伊勢神宮とオオクニヌシを祀る出雲大社。ともに歴史・文化・精神の真髄を宿す代表的古社といえる。神社や神話、歴史に興味をもつ多くの人の関心は最終的にはこの二社に収斂されると言ってもよい。本書は記紀に記載はあるものの不明な点が多い起源など歴史や信仰にまつわる１６の「謎」を取り上げ、日本至高の聖地たる二社の奥深さや魅力を紹介する。

第１章　伊勢神宮、七つの謎（なぜ天照大神が祀られているのか―『日本書紀』に記された伊勢への奉遷伝承
なぜ内宮と外宮があるのか―丹波から伊勢に招かれた豊受大神
伊勢神宮に仕えた斎王とは―天皇の名代として伊勢に籠った皇女たち
伊勢神宮の別宮とは―正宮と深い関わりをもつ「別れの宮」　ほか）
第２章　出雲大社、七つの謎（なぜ大国主神が祀られているのか―国譲り神話が語る出雲大社のルーツ
出雲大社はいつ創建されたのか―謎解きのカギを握る皇子ホムツワケの参拝譚
古代には超高層神殿だったのか―伝承を裏づける平成に発掘された巨大柱
出雲大社を司る出雲国造とは―今も大社を守る天つ神アメノホヒの神裔　ほか）
第３章　「伊勢と出雲」をめぐる謎（なぜともに垂仁朝が創建年代なのか―伊勢神宮と出雲大社の奇妙な暗合
伊勢の土着神は出雲系の神なのか―『風土記』が語る伊勢と出雲の地下水脈）