「上条ちゃーん。今度の今度こそ留年決定なのですー」三学期初日。小萌先生が笑顔で死刑宣告を言い放ったのには訳がある。いったん死んで生き返った上条当麻、復学に必要な生存確認書類が紛失したらしい。そんな訳で上条がやってきたのは、紛失物が届けられる第二三学区。そこには何故かバードウェイとレッサーがいて？…なんていう、のどかな展開ばかりじゃない。コロンゾンが死んでも、すべてが奇麗に収まった訳じゃない。スィトラ＝アフラ。悪の原因物質がまだ残っている。そう。学園都市からイギリス側に引き渡されるはずだった浜面仕上が、脱走したのだ。