アルゼル共和国の聖樹が暴走するという“あの乙女ゲー”２作目のバッドエンドルートに突入してしまい、リオンは聖樹破壊作戦を決意。マリエの心配をよそに大幅に装備を変更した「アロガンツ・リベンジャー」で単独出撃するリオンだったが、ルクシオンによるサポートもなく大苦戦を強いられる。時を同じくして、ファンオース公国から宣戦布告を受けたホルファート王国では、オリヴィアの存在感はさらに高まっていた。オリヴィアを支配する聖女アンの怨念は、ユリウスたちを洗脳し義勇軍の立ち上げを画策。かくして戦争の火蓋は切られ、復讐に燃える黒騎士の大剣がリオンに迫る―！