人間社会に対して激しい不信の念を抱くネモ船長とは何者？その目的は？謎の潜水艦ノーチラス号は、インド洋から地中海、さらに大西洋を南下して南極へ。凍結した海底に閉じこめられ、巨大なタコの大群や暴風雨に遭遇、と波瀾万丈の航海は続く。