人道的救済会社代表の仮面をかぶったスパルコは、目的達成をじゃまするコンクリンを消して、ボーンに罪をかぶせようとしていた。そのために、暗殺者のカンをボーンの元へ導いたのだ。一方、パリを訪れたボーンはカンから聞かされた衝撃的な事実を受け止められないでいた。パリ警視庁からも追われるボーンは、旧知の文化相ロビネットに助けられ、軍用機でブダペストへと向かう。