戦死したと思われていた薫の父・越路郎は生きていた!?越路郎を探すため剣心一家と明日郎・阿爛・旭の六人は北海道・函館に向かう。かつて戦地だった函館は、今はもう平穏を取り戻したかに見えたが、異変は函館山で起きていた！北の大地で、友と思いがけない再会を果たした剣心は、再び闘いの中へ身を投じることに…!!