浮浪児チーム《惨殺食堂》に、密室下での人体消失事件解決を命じられたリューイ。その事件の背後には、外務省から消えた海軍条約文書が絡んでいた。ホームズも独自の捜査を進めるなか、徐々に“第三勢力”の存在が浮かび上がり…!?