飯生政権が推し進める「真物化計画」を阻止すべく、真物を無効化するワクチンの作成に必要な情報を得るため、研究所と飼育場の二箇所に分かれて向かう夏羽たち。ですが、飼育場の調査中に暴走した真物を止めようとした晶が意図せず真物を殺めてしまうのです。誰も死んでほしくはないと願う晶の心は、それは深く傷付くのです。片や研究所に潜入する夏羽・織・紺・卜部の四人は、そこで何を見つけるのでしょうか…。