「すべての魔女を、生まれる前に消し去りたい」――。最強の魔法少女・鹿目まどかの願いが叶えられ、すべての宇宙、過去と未来の魔女は消えた。しかし、その代わりに世界には人の感情をエサとする“魔獣”が生まれ、人々を襲うようになっていた。そんな魔獣を退治すべく、魔法少女の巴マミ、美樹さやか、佐倉杏子は見滝原の平和を守るため日々戦っていたが・・・。

すべての宇宙、過去と未来の魔女が消えたが、その代わりに人の感情をエサとする“魔獣”が人々を襲うようになっていた。見滝原の平和を守るべく、魔法少女たちの戦いが再びはじまる……。劇場版[前後編]と[新編]を繋ぐ[魔獣編]、堂々開幕!!