錬金術師と呼ばれた人々は、人以上の生命を創ることを夢見た。だが、その秩序なき創造は崩壊を招き、後に結成されし組織『α→Ω』は管理と生産の道を歩んで行く。―錬金術師・西脇昶は、組織の指示で創英学園に転校し、人造生命体・シャッフルとともに学園の調査を進める。その中で、教師であり錬金術師でもある垣之沢の娘・紫の病が、人為的に引き起こされているものだと知って…。