人間を魔獣へと変異させるウイルス・悪疫（エピデミネ）に魂を侵された人々のために、「国境なき魂の医師団」が結成される。その機関の異能戦闘員（ドクター）である京介は、家族と幼なじみを目の前で惨殺され、暗き復讐を胸に数多くの魔獣を狩っていた。中学生でありながらも高い戦闘力を有する京介は、チームと共に、魔獣の巣窟となった病院に向かう。そこで生存者の音羽を救うが…。