全人類に対して衝撃的な宣戦布告を行ったマスターエグゼリオ。それは、これまでのエクスターたちの献身も、融和に向けての改造人間たちの努力も、そのすべてをあざ笑うがごとき行動だった。一方、いまやマスターエグゼリオの牙城となった浮遊要塞（エレボス）に、姉とともに自ら赴いた由良は、そこで囚われの身となった十季子と再会する。それぞれの気持ちをお互いが初めて露わにする中、一哉自身もまた要塞へと向かっていた。三人のロストナンバーズを従え、恐るべき力を手に入れたマスターエグゼリオに、一哉たちは最後の戦いを挑む！全ての大切なものを守るために！―。