１９７４年。戦争と軍隊を放棄した国家コスタリカに、謎の武装集団が出現。背後には米ソの不穏な思惑が隠れている。平和を望む少女パスの願いをかなえるため密林に潜入したスネークを待ち受けていたのは、１０年前に自ら殺害した最愛の恩師ザ・ボスと、完全なる核抑止を実現する自律歩行型核兵器ピースウォーカーだった。ザ・ボスは生きているのか。核抑止による平和は可能なのか。スネークの壮絶な任務が始まる。