残存する魔力の脅威を取り締まる『異端審問官』の育成機関、通称『対魔導学園』には、劣等生の寄せ集め部隊『第３５試験小隊』が存在する。エグゼの追撃を退けたタケルたちは、反体制派の本拠地に到着。そこで世界の秘密を目のあたりにする。真実に触れ『異端審問会』『幻想教団』双方への反攻の意志を新たにするタケルたちに、流はひとつの作戦を授ける。それは、アルケミスト第一研究施設への突入作戦だった。タケルは、そこに囚われているキセキの奪還に、そしてカナリアはアルケミストＣＥＯ・杉波朱雀への復讐に燃えるが―反撃に咆え哮ける学園アクションファンタジー！！