アラスカの孤島シャドー・モセスにスネークは単独潜入した。新型核兵器メタルギアとテロの首謀者リキッド。それらを倒せば任務は終わるはずだった。だがそこには、恐るべき陰謀が張りめぐらされていた。謎の急死をとげる人質、立ちふさがる超人たち、仲間の裏切り、リキッドとの因縁。核戦争の危機を阻止せんとしたスネークを待っていたのは、驚愕の真相だった。隠されていたシャドー・モセスの真実が、ついに浮上する！