おまえは９年間の昏睡から目覚めた。そのせいで、世界はふたたび騒がしくなる。おまえを襲うガスマスクの少年と炎の男、サイファーを率いる顔のない男、もの言わぬ狙撃手クワイエット。かつての仲間が開発した二足歩行兵器、そしてアフリカで研究されているメタルギアを超える謎の兵器。失われた記憶と仲間の幻肢痛に耐え、憎悪のスネークは立ちあがる。世界を復讐の血に染めてメタルギアサーガ、ここに終わる。