ジュール＝ヴェルヌより無事帰還したカイと三四郎は、カイの故郷である月で再び合流し、カイを指揮官とした『月独立』を目指す任務に当たっていた。互いに唯一の相手として信頼し合っていたはずが、擦れ違いから、色恋抜きのただのバディに戻ろうと三四郎に付きつけられてしまったカイ。その上、かつての仲間たちと共に挑むミッションでは、次々にトラブルが発生し…！？『月独立ミッション編』怒濤の第３弾！