第１部　里山学と琵琶湖（「里山問題」の転換と里山学の課題―“文化としての自然”の保全・再生
琵琶湖保全再生計画の位相―琵総終結後２０年間の堆積と変容をめぐって　ほか）
第２部　琵琶湖と地形（流域をとらえる―愛知川流域の地形・水系・地割
河川、琵琶湖、盆地による“繋がりと分断”を考える―近代化の「負の遺産」克服のために　ほか）
第３部　琵琶湖といきもの（環境ＤＮＡ分析による琵琶湖水系の魚類相解析と生態研究への応用
カワウ問題解決のための順応的管理と河川環境改善　ほか）
第４部　琵琶湖と森（東近江市の森林利用の歴史
東近江・小椋谷と木地師　ほか）