“選ばれし子どもたち”の１人である八神太一は、大学４年生になった今も将来を決めることができずに悩んでいた。そんな中、謎のデジモンによって“選ばれし子ども”の行方不明事件が多発する。アメリカでデジモン研究を進めているメノアが、その事件の解決のため太一たちに力を貸して欲しいとやってきて…。この事件の裏には一体なにが！？小学上級・中学から。