理解不能な神々による超常現象、領怪神犯。特別調査課の課員である片岸と宮木は、組織が秘匿する、ある神の真実に触れてしまう。その２０年前―。詐欺で捕まった青年・烏有は、霊的なものを見る力のために、組織の前身である「領怪神犯対策本部」に入れられる。元刑事の武骨な男・切間と、民俗学の准教授という女・凌子と共に各地の奇怪な現象を追っていくが…。組織の過去に何があったのか。胸を刺す慟哭の真相が明かされる。