ワシントンとオレゴンの州境付近にて、ゴジラが再び姿を現した。事を荒立てないようにというＧフォースの助言をよそに、キャメロン大佐は合衆国軍の最新兵器を送り込む…その名も、オールテレーンチュラ！その頃、宇宙ではまた別の脅威が地球へ接近していた。ゴジラに倒されたバゴラの座標を追ってやって来た謎の異星人たち。彼らの目的とは…？