合成人間ビショップは永久に停止されることを望んだが、創造主マイケル・ビショップによって新たな体を与えられる。マイケルは、ビショップに復活させた理由をこう説明する。「おまえの頭脳に保存されているゼノモーフの知識は、医療科学を飛躍的に発展させる。それは人類にとって恩恵だ」研究に必要な財源をマイケルがどこから得ているのかは謎だ。その頃、植民地海兵隊のマーセル・アポーン艦長は“ＵＳＣＳＳパトナ”号を追っていた。だが、その追跡任務の周辺には“ウェイランド・ユタニ”社の傭兵部隊の影が怪しくちらつく。ランス・ビショップが有する宇宙最強生物に関する詳細な知見から利益を得ようと、大勢の者たちがうごめいていた。そしてゼノモーフもまた…。