私立北神薙高校に通うミステリ好きの少年・本仮屋詠太は、校内で謎の本―『牢獄学舎の殺人』を見つける。ある高校の音楽室／美術室／プールで発生する三連続密室殺人を描くその本格ミステリは、“読者への挑戦状”で締めくくられ解答編が存在していなかった…。読み終えた彼の前に、謎の少女が現れて告げる。「私は杠来流伽。溝呂木案件調査機構―『未完図書委員会』の司書よ」彼が手にした本は、“読者への挑戦状”を解いた者が完全犯罪の手引書として使用できる「未完図書」の一冊だった！詠太と来流伽は『牢獄学舎の殺人』が現実に再現されることを未然に防ごうとするが、やがて校内で本物の密室殺人が発生。二人は虚実絡まる事件の謎を、解くことができるのか！？