１９４５年敗戦。京都市内にも随所に星条旗が翻った。四条烏丸に進駐軍の司令部が置かれ、二条城脇の堀川通はアメリカ軍の滑走路となり、上賀茂神社のご神木はゴルフ場建設のために切り倒され、祇園歌舞練場は米軍専用ダンスホールへと姿を変えた…。日本降伏の間際、幾度となく原爆投下の候補地としてリストアップされながら、紙一重で悲劇をまぬがれた古都の往時を、日米双方の史料と貴重な証言から紡ぎだす。

序章　原爆の標的リストから「京都は外した」
１　原爆ターゲットは「京都駅・鉄道博物館」
２　軍都と化した「伏見稲荷大社」界隈
３　ＧＨＱは「平安神宮」がお好き
４　司令官、「烏丸通」に執務室と私邸を置く
５　天皇さんが戻られる「京都御所」をお守りせねば
６　米軍家族住宅が造られた「府立植物園」
７　ＧＨＱに狙われた「上賀茂神社」の苦悩
８　軍政官執念の結晶「京都ゴルフ倶楽部」
９　昭和天皇を「仁和寺」門跡に近衛文麿の画策
１０　海軍と「京都大学」の核開発疑惑
１１　「清水寺」音羽の水　期待された万能薬
１２　義歯、風船爆弾、ダンスホール…「祇園」の変化はしなやかに
１３　生き延びた花街「上七軒」と「北野天満宮」の名刀・鬼切丸
１４　「聖護院」山伏と司馬　ＧＨＱと仏教　茶道華道の文化力
１５　祇園祭山鉾巡行の復興　ＧＨＱへの口説き文句
終章　古都はなぜ残ったか―「京都の恩人」説を検証する