数々の敵との死闘で、心身ともに疲弊したスパイダーマン。再び立ち上がる彼に、さらなる試練が訪れる！“始祖”と呼ばれる超自然的存在が地球に出現し、世界中が大混乱に陥った！ピーター・パーカーは、ノーマン・オズボーンが経営する会社で働き始め、人生をやり直そうとしていたが、再スタートも束の間、彼を狙う怪しい影が忍び寄る―その名は、ホブゴブリン！容赦ない攻撃を浴びせてくるかつての宿敵に苦戦するピーターだが、敵はまだ他にも潜んでおり…はたして、スパイダーマンはこの逆境に打ち勝つことができるのか！？