強力な闇の魔法使いゲラート・グリンデルバルドが魔法界を支配する計画を進めていることを知ったアルバス・ダンブルドア。自分ひとりでは阻止できない理由があるため、グリンデルバルドに対抗するチームを編成し、教え子でもある魔法動物学者ニュート・スキャマンダーに彼らのまとめ役を託す。魔法使いたちに勇敢なマグルのパン職人１人を加えた凸凹チームは危険な任務に乗り出すが…。